另外需要注意的是，天然的油脂和脂肪酸不是一种纯净物，而是多种不同碳链长度的脂肪酸的混合物，理论上脂肪酸包括了从甲酸（C1）到高级脂肪酸（C24），而生物柴油的主要成分是C16、C18、C20和少量的前级馏分（C12之前），不过其中C16、C18占了大约70%以上。
 

生物柴油虽然也被称为“柴油”，但是从以上介绍我们知道，它与传统意义上的柴油（石化柴油）在本质上完全不同，生物柴油是一种酯，而石化柴油是烷烃，二者是完全不同的化学物质，与石化柴油相比，生物柴油的性质体现出以下优势、不足及相似之处：
 

1.2.1、碳链长度：生物柴油主要成分是C16、C18脂肪酸甲酯，与标准石化柴油（C16烷烃）相似。
 

1.2.2、十六烷值：生物柴油的十六烷值一般大于50，更优于普通石化柴油（一般是45左右）。
 

1.2.3、热值：生物柴油的理论热值与石化柴油接近，大约相当于石化柴油的92—95%，而实际热值略低于石化柴油。
 

1.2.4、不含硫：作为一种燃料的重要评价指标，尾气SO2排放量是很关键的标准；生物柴油不含硫，这一点是其优于石化柴油的重要特性。